实验室布局按照要求合理地划分成清洁区、半污染区和污染区，采用人与物分别设置专用通道，设置必要的缓冲间，采用一次隔离和二次隔离等措施，能有效的避免交叉污染，从根本上防止危险性微生物的扩散;实验室装修采用可靠的材料，合理的施工措施，保证洁净实验室-生物实验室始终处于相对密封的环境，防止微生物的外逸，易于实验室的清洁，同时避免外部对实验室环境的破坏。
空气调节系统必须可靠运行，采用先进技术，合理利用和节约能源与资源，保证环境的质量和，为实验人员提供所需要的温度和湿度，保障生物实验在的条件下进行，以确保实验结果得准确性。同时它还必须控制实验室的洁净度，对新风进行过滤，使实验室达到一定的净化要求。其中排风系统是重点，对于保证实验室相对负压环境和有效过滤室内污染排风起着重要的作用。
培训方案：由于洁净实验室-生物实验室中的实验人员通常都是医学专家，对于实验室整个系统原理不一定十分了解，通过培训方案，让所有实验室工作人员了解整个系统的特点，掌握其运行规律，可以及时发现隐患，并及时做出相应的应急处置，控制住事态的进一步恶化，对减轻后续维修工作的难度是有很大帮助的。
因此，必须将风速保持在0.3米/秒至0.5米/秒（60英尺/分钟至100英尺/分钟）的范围里，以便使中断的单向流能快速恢复，充分稀释障碍物周围紊流区的污染。用风速可以正确地表示出单向流，因为风速越高室内就越洁净。而每小时换气次数与房间的体积有关，如吊顶的高低，因此不适合用来表示单向流。单向流室内的送风量是紊流室的很多倍（10到100倍）。