装修公司在设计洁净室工程时会选用一些先进的设计软件，提高设计和施工的效率。三维设计技术是现在装修设计比较常用的技术手段，它具有两大优势：一是可以将洁净室装修施工图纸简化，提高施工效率；二是可以降低洁净室工程施工成本。市场上三维设计软件很多，下面主要以Solidworks三维工程软件为例进行分析。
风管若要达到洁净室工程的要求，在制作时必须要确保环境干净，无灰尘，无污染。当矩形风管边长小于等于900mm时，应特别注意底板不能有拼接的缝隙；当边长大于900mm时，底板不应有横向接缝。咬口、铆接、法兰应采用硅胶密封，密封前应清洗干净，密封后应严格检查。当风管制作完成后，还应该根据洁净室工程的相关要求利用中性洗涤剂清洗，将其表面的浮灰和油渍清洗干净。根据人们制作风管的经验，其清洗步骤为:咬口前除去风管表面浮尘→咬口组合成型后用专用清洗剂处理→中性剂清洗+清水擦洗，然后用白布擦净→白绸布检验+硅胶密封+透明塑料薄膜风口处理。
在洁净室工程中安装风管时，要先将风管包装表面的浮灰清除干净，然后再将材料拿入施工现场。在墙上打好各种固定部件后，再进行风管的安装工作。当一个阶段的风管安装好之后，再拆开外包装。为了保证洁净室工程空调系统的稳定性，在安装风管时一定要注意密封性。
洁净室工程空调系统非常复杂，有的装修公司会采用中央空调系统控制不同的净化车间，有的装修公司则在每个净化车间都采用独立的空调系统，具体的设计方案需要参考工厂对装修的要求。有的工厂净化车间只分布于一个楼层，对应的洁净室工程空调系统相对简单，而有的工厂净化车间分布于不同的楼层，对应的空调系统设计较为复杂。由此可见，洁净室装修公司必须要具备丰富的经验，才能设计出合理的空调系统方案。