实验室净化工程等级设计也很关键，一般的无菌室实验室洁净度等级都是万级，一般普通实验室则大范围十万级~万级的布局设计。生物实验室、阳性对照实验室以及微生物培养实验室则需按照静态百级的洁净室标准进行设计、施工。
洁净实验室设计基本思路为、实用。净化要求级别为万级。实验室设计有一更、二更、风淋和缓冲等实验前的准备工作。采用人流、物流分开原则，以减少实验污染，保证。洁净实验室回风与室外新风混合后，经过初、中、过滤器三级过滤后送入洁净室内。新风、回风设粗效过滤器，中效过滤器位于组合式空调机组内，过滤器位于送风系统的末端即洁净房间的送风口处。
洁净室是指将一定空间范围内之空气中的微粒子、有害空气、等之污染物排除,并将室内之温度、洁净度、室内压力、气流速度与气流分布、噪音振动及照明、静电控制在某一需求范围内,而所给予特别设计之房间。亦即是不论外在之空气条件如何变化,其室内均能俱有维持原先所设定要求之洁净度、温湿度及压力等性能之特性。
无菌室内设备和用具，无菌室内的工作台，不论是什么材质、用途的，都要求表面光滑和台面水平。在内室和外室各安装一个紫外灯(多为30W)。内室的紫外线灯应安装在经常工作的座位正上方，离地面2m，外室的紫外线灯可安装在外室中央。