实验室净化工程等级设计也很关键，一般的无菌室实验室洁净度等级都是万级，一般普通实验室则大范围十万级~万级的布局设计。生物实验室、阳性对照实验室以及微生物培养实验室则需按照静态百级的洁净室标准进行设计、施工。
洁净室按空气清洁程度分类，如果无尘室的等级只用尘粒数目来叙述，则可假设尘粒的尺寸为0.5μm，例如，1级、10级、例如100级无尘室尘埃粒子数目分别小于或等于1颗、10颗、100颗。如果尘粒尺寸不是0.5μm，无尘室等级应以在一特定尘粒尺寸的级数来表示，分别分为1级、10级、100级、1000级、10000级、100000级，数值越小，净化级别就越高。洁净度越高造价就越高。
万级无菌室就是无菌室室内空气经处理，室内每立方米空间的微粒数不大于一万个，十万级无菌室即室内每立方米空间的微粒数不大于十一万个。P2实验室是指生物实验室等级的一个分类。在现在各类实验室当中，P2实验室是使用更为广泛的生物等级实验室。其等级有 P1、P2、P3、P4，按照实验室的性质要求来取舍相应的等级。
无菌室内设备和用具，无菌室内的工作台，不论是什么材质、用途的，都要求表面光滑和台面水平。在内室和外室各安装一个紫外灯(多为30W)。内室的紫外线灯应安装在经常工作的座位正上方，离地面2m，外室的紫外线灯可安装在外室中央。