工程设计不合理
这种现象比较少见，主要是在一些小型的净化级别要求不太高的洁净室建造上。现在净化的竞争比较激烈，一些施工单位为了获得工程，在投标中给出了较低的报价。在后期施工中，利用一些单位不太懂行的情况，偷工减料，使用功率较低的空调通风压缩机组，使送风功率与净化面积不匹配，导致洁净度不合格。
送风管或过滤器密封不好
这种现象是施工粗糙造成的，在验收时会表现出在同一系统中某个房间或局部不合格，改进的方法是，送风管采用漏光试验法检漏，过滤器用粒子计数器对过滤器的断面、封胶、安装框架进行扫描，找出泄露位置，精心密封。
净化空调系统没有清扫干净
在施工过程中，整个净化空调系统，尤其是送、回风管道都不是一次完成，施工人员和工环境都会造成通风管道和过滤器的污染。如不清洁干净，将直接影响检测结果。改进措施是，边施工边清洁，面前一段管道安装完成清洁后，可用塑料薄膜密封，避免环境等造成的污染。
实验室对器材有比较高的需求，一定得根据实验室的具体环境来选用不同的空气净化器，防止产生噪声、粉尘污染或是干扰其他实验室设备的使用。对于实验室而言，应该选择特定的实验室空气净化器。比如在化学实验室，空气净化器应该能够有效清除室内所产生的有毒酸碱性化学物质、有机异味气体，有效地降解挥发在空气中的甲醛、苯、氨等污染物，达到有效、抗污除臭、净化空气的目的。